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1988年，在自治區(qū)財(cái)政廳的支持下，自治區(qū)科委試行科研周轉(zhuǎn)金制度。但由于經(jīng)驗(yàn)不足，在投資方向上未能突出重點(diǎn)，資金使用效果不理想。在總結(jié)經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上，1989年，自治區(qū)科委對(duì)科研周轉(zhuǎn)金采取了“集中使用、重點(diǎn)、開(kāi)發(fā)優(yōu)先”的投放原則，主要用于開(kāi)發(fā)前景好、經(jīng)濟(jì)效益顯著、有一定基礎(chǔ)的產(chǎn)品開(kāi)發(fā)項(xiàng)目上，取得了預(yù)期效果。同年2月，對(duì)回收經(jīng)費(fèi)問(wèn)題進(jìn)行了多次研究，在統(tǒng)一認(rèn)識(shí)、明確職責(zé)的基礎(chǔ)上，制定辦法，組織實(shí)施。同時(shí)與自治區(qū)財(cái)政廳多次磋商，聯(lián)合印發(fā)《回收經(jīng)費(fèi)暫行規(guī)定》。1990年8月，自治區(qū)科委印發(fā)《關(guān)于繼續(xù)深化科技撥款制度改革工作的通知》，對(duì)全區(qū)科技撥款制度的深化改革工作作了具體部署。11月，為促進(jìn)科技體制改革，加速自治區(qū)科技事業(yè)的發(fā)展，從自治區(qū)級(jí)科技三項(xiàng)費(fèi)用中撥出部分資金，建立了自治區(qū)科技發(fā)展基金，制定《內(nèi)蒙古科技發(fā)展基金經(jīng)費(fèi)管理辦法》。

從1991年1月1日起，全區(qū)科學(xué)事業(yè)費(fèi)劃轉(zhuǎn)執(zhí)行新的科研會(huì)計(jì)核算制度，為此，自治區(qū)科委、財(cái)政廳聯(lián)合印發(fā)《關(guān)于執(zhí)行科研單位會(huì)計(jì)制度的通知》。

根據(jù)科技撥款制度改革的要求，結(jié)合自治區(qū)直屬開(kāi)發(fā)型科研院（所）的實(shí)際情況，在前三年遞減事業(yè)費(fèi)的基礎(chǔ)上，1992年仍對(duì)開(kāi)發(fā)型科研院（所）分檔次進(jìn)行遞減事業(yè)費(fèi)工作。1992年4月，自治區(qū)科委印發(fā)《關(guān)于1992年繼續(xù)遞減開(kāi)發(fā)型科研院（所）事業(yè)費(fèi)的通知》。10月，自治區(qū)科委印發(fā)《關(guān)于重申對(duì)固定資產(chǎn)調(diào)撥、變賣、報(bào)損、報(bào)廢等審批權(quán)限的通知》。同月，自治區(qū)科委印發(fā)《關(guān)于對(duì)M—150計(jì)算機(jī)、H—700H型電鏡及國(guó)際聯(lián)機(jī)檢索使用費(fèi)用要求補(bǔ)貼的通知》，明確提出，從即日起對(duì)使用M—150計(jì)算機(jī)、H—700H型電鏡及國(guó)際聯(lián)機(jī)檢索停止使用費(fèi)用的補(bǔ)貼，應(yīng)變?yōu)橛袃斒褂谩?2月，自治區(qū)科委推出1993年改革新措施，將以市場(chǎng)為導(dǎo)向、應(yīng)用為前提、效益為中心安排科技攻關(guān)計(jì)劃項(xiàng)目，并實(shí)行“以銷定研”，軟科學(xué)研究計(jì)劃要為攻關(guān)計(jì)劃提供立項(xiàng)依據(jù)。攻關(guān)計(jì)劃要為推廣“星火”“火炬”計(jì)劃提供部分有價(jià)值的成熟成果和解決生產(chǎn)實(shí)踐中的難題，壓縮指令性課題，擴(kuò)大指導(dǎo)性課題。從1994年起將強(qiáng)化全部有償、投資入股、知識(shí)產(chǎn)權(quán)3種經(jīng)費(fèi)投放方式，以提高經(jīng)費(fèi)的使用效率，并決定對(duì)重大課題試行公開(kāi)招標(biāo)。

1996年12月，自治區(qū)出臺(tái)了《事業(yè)單位非經(jīng)營(yíng)性資產(chǎn)轉(zhuǎn)經(jīng)營(yíng)性資產(chǎn)管理實(shí)施辦法》。

1998年9月，《內(nèi)蒙古科技風(fēng)險(xiǎn)基金管理辦法》開(kāi)始執(zhí)行，由自治區(qū)財(cái)政撥款400萬(wàn)元，自治區(qū)科委匹配300萬(wàn)元建立的自治區(qū)科技風(fēng)險(xiǎn)基金項(xiàng)目正式啟動(dòng)。

1999年，自治區(qū)科技投入經(jīng)費(fèi)總計(jì)達(dá)5035萬(wàn)元，比1998年有了大幅提高。其中自治區(qū)科技三項(xiàng)費(fèi)及專項(xiàng)費(fèi)共計(jì)3949萬(wàn)元，科技三項(xiàng)費(fèi)2989萬(wàn)元，比1998年增加229萬(wàn)元，增長(zhǎng)達(dá)7.6%；科技風(fēng)險(xiǎn)投資基金600萬(wàn)元，較1998年增加200萬(wàn)元，增長(zhǎng)達(dá)50%。