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1988年，在自治區(qū)財政廳的支持下，自治區(qū)科委試行科研周轉金制度。但由于經(jīng)驗不足，在投資方向上未能突出重點，資金使用效果不理想。在總結經(jīng)驗的基礎上，1989年，自治區(qū)科委對科研周轉金采取了“集中使用、重點、開發(fā)優(yōu)先”的投放原則，主要用于開發(fā)前景好、經(jīng)濟效益顯著、有一定基礎的產(chǎn)品開發(fā)項目上，取得了預期效果。同年2月，對回收經(jīng)費問題進行了多次研究，在統(tǒng)一認識、明確職責的基礎上，制定辦法，組織實施。同時與自治區(qū)財政廳多次磋商，聯(lián)合印發(fā)《回收經(jīng)費暫行規(guī)定》。1990年8月，自治區(qū)科委印發(fā)《關于繼續(xù)深化科技撥款制度改革工作的通知》，對全區(qū)科技撥款制度的深化改革工作作了具體部署。11月，為促進科技體制改革，加速自治區(qū)科技事業(yè)的發(fā)展，從自治區(qū)級科技三項費用中撥出部分資金，建立了自治區(qū)科技發(fā)展基金，制定《內蒙古科技發(fā)展基金經(jīng)費管理辦法》。

從1991年1月1日起，全區(qū)科學事業(yè)費劃轉執(zhí)行新的科研會計核算制度，為此，自治區(qū)科委、財政廳聯(lián)合印發(fā)《關于執(zhí)行科研單位會計制度的通知》。

根據(jù)科技撥款制度改革的要求，結合自治區(qū)直屬開發(fā)型科研院（所）的實際情況，在前三年遞減事業(yè)費的基礎上，1992年仍對開發(fā)型科研院（所）分檔次進行遞減事業(yè)費工作。1992年4月，自治區(qū)科委印發(fā)《關于1992年繼續(xù)遞減開發(fā)型科研院（所）事業(yè)費的通知》。10月，自治區(qū)科委印發(fā)《關于重申對固定資產(chǎn)調撥、變賣、報損、報廢等審批權限的通知》。同月，自治區(qū)科委印發(fā)《關于對M—150計算機、H—700H型電鏡及國際聯(lián)機檢索使用費用要求補貼的通知》，明確提出，從即日起對使用M—150計算機、H—700H型電鏡及國際聯(lián)機檢索停止使用費用的補貼，應變?yōu)橛袃斒褂谩?2月，自治區(qū)科委推出1993年改革新措施，將以市場為導向、應用為前提、效益為中心安排科技攻關計劃項目，并實行“以銷定研”，軟科學研究計劃要為攻關計劃提供立項依據(jù)。攻關計劃要為推廣“星火”“火炬”計劃提供部分有價值的成熟成果和解決生產(chǎn)實踐中的難題，壓縮指令性課題，擴大指導性課題。從1994年起將強化全部有償、投資入股、知識產(chǎn)權3種經(jīng)費投放方式，以提高經(jīng)費的使用效率，并決定對重大課題試行公開招標。

1996年12月，自治區(qū)出臺了《事業(yè)單位非經(jīng)營性資產(chǎn)轉經(jīng)營性資產(chǎn)管理實施辦法》。

1998年9月，《內蒙古科技風險基金管理辦法》開始執(zhí)行，由自治區(qū)財政撥款400萬元，自治區(qū)科委匹配300萬元建立的自治區(qū)科技風險基金項目正式啟動。

1999年，自治區(qū)科技投入經(jīng)費總計達5035萬元，比1998年有了大幅提高。其中自治區(qū)科技三項費及專項費共計3949萬元，科技三項費2989萬元，比1998年增加229萬元，增長達7.6%；科技風險投資基金600萬元，較1998年增加200萬元，增長達50%。