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種子管理站是農(nóng)業(yè)行政部門組織良種繁育推廣，管理種子的事業(yè)單位。民國(guó)18年（1929）綏遠(yuǎn)省農(nóng)林試驗(yàn)場(chǎng)農(nóng)務(wù)股曾承擔(dān)搜集農(nóng)作物品種進(jìn)行試驗(yàn)和推廣工作。民國(guó)30年（1941）偽滿洲國(guó)曾成立農(nóng)作物獎(jiǎng)勵(lì)品種決定委員會(huì)，在內(nèi)蒙古東部推廣了一批良種。1947年內(nèi)蒙古自治政府成立后，對(duì)農(nóng)業(yè)種子十分重視，號(hào)召群眾“選種護(hù)種，改良籽種”，收集良種組織繁殖，建立農(nóng)事試驗(yàn)場(chǎng)，確定縣級(jí)試驗(yàn)場(chǎng)以繁殖良種為基礎(chǔ)任務(wù)，有重點(diǎn)有計(jì)劃的進(jìn)行優(yōu)良品種推廣工作。種子工作的具體業(yè)務(wù)，由各級(jí)政府主管農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的行政部門統(tǒng)一管理。

中華人民共和國(guó)成立以后，1950年綏遠(yuǎn)省農(nóng)林廳成立種子科，承擔(dān)良種調(diào)查、檢定和收購(gòu)工作。當(dāng)年組織區(qū)、村選種小組，開展群眾性的良種評(píng)選工作。同年秋內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府農(nóng)牧部也發(fā)出通知，要求以嘎查（村）為單位組建選種委員會(huì)，領(lǐng)導(dǎo)良種評(píng)選工作，指導(dǎo)群眾田間選種。1951年6月1日綏遠(yuǎn)省農(nóng)林廳將種子科與推廣科合并為技術(shù)改進(jìn)科，管理病蟲害防治、選種、推廣良種、農(nóng)藥、農(nóng)具等業(yè)務(wù)。

1956年4月，國(guó)務(wù)院發(fā)出“關(guān)于春耕生產(chǎn)的指示”，要求各省、地、縣農(nóng)業(yè)部門根據(jù)當(dāng)?shù)厍闆r限期建立和健全種子機(jī)構(gòu)，加強(qiáng)種子管理和良種推廣工作。自治區(qū)農(nóng)牧廳于當(dāng)年6月在自治區(qū)農(nóng)業(yè)技術(shù)推廣所內(nèi)設(shè)立種子科，管理全區(qū)種子和良種示范繁殖農(nóng)場(chǎng)的業(yè)務(wù)。根據(jù)國(guó)務(wù)院和國(guó)家糧、農(nóng)兩部關(guān)于建立種子機(jī)構(gòu)的精神，報(bào)請(qǐng)自治區(qū)計(jì)劃委員會(huì)同意，1956年計(jì)劃全區(qū)建立50個(gè)種子站，編制178人，其中盟市站10個(gè)，編制68人，歸農(nóng)牧處（局）領(lǐng)導(dǎo)；旗縣站40個(gè)，編制120人，歸旗縣人民委員會(huì)農(nóng)業(yè)部門領(lǐng)導(dǎo)。種子站人員由各級(jí)政府解決，建站經(jīng)費(fèi)由國(guó)家農(nóng)業(yè)部和自治區(qū)隨建站編制下達(dá)，并明確種子站是農(nóng)業(yè)事業(yè)機(jī)構(gòu)，其任務(wù)為：（l）擬定糧油作物良種繁育、推廣、購(gòu)貯、調(diào)配和供應(yīng)計(jì)劃，推動(dòng)良種普及工作。（2）布置督促和檢查良種繁育工作，指導(dǎo)良種示范場(chǎng)、農(nóng)業(yè)社種子地的良繁技術(shù)。（3）組織指導(dǎo)檢查優(yōu)良品種的評(píng)選、區(qū)域?qū)彾?；鑒定本盟、市、行政區(qū)、旗、縣范圍內(nèi)的良種；組織試驗(yàn)試種、示范等。（4）推動(dòng)并辦理種子品質(zhì)檢驗(yàn)工作。（5）指導(dǎo)群眾選留種、種子儲(chǔ)藏、保管技術(shù)，積極培養(yǎng)、提高下一級(jí)種子工作人員和農(nóng)業(yè)社種子技術(shù)員的業(yè)務(wù)水平。（6）擬定一般種子、備荒種子、補(bǔ)種、墾荒種子及飼料地種子的儲(chǔ)備、調(diào)劑、供應(yīng)計(jì)劃。（7）承辦種子繁殖農(nóng)場(chǎng)的有關(guān)事宜。經(jīng)過(guò)一年建設(shè)，到1957年末完成了全區(qū)建站計(jì)劃。這批新建的種子機(jī)構(gòu)，實(shí)行行政、技術(shù)二位一體，是各級(jí)農(nóng)業(yè)行政部門主管種子工作的農(nóng)業(yè)事業(yè)單位，其職能主要是負(fù)責(zé)各級(jí)種子工作的行政管理和技術(shù)指導(dǎo)。種子經(jīng)營(yíng)仍由糧食部門管理。

1958年2月11日，國(guó)務(wù)院（五辦、七辦）批轉(zhuǎn)糧食部、農(nóng)業(yè)部“關(guān)于成立種子機(jī)構(gòu)意見的報(bào)告”，要求各地及時(shí)建立種子經(jīng)營(yíng)機(jī)構(gòu)，統(tǒng)一經(jīng)營(yíng)糧食、油料、經(jīng)濟(jì)作物、牧草、綠肥等種予以及辦理從國(guó)外引進(jìn)良種的經(jīng)營(yíng)工作。據(jù)此，自治區(qū)農(nóng)業(yè)廳于當(dāng)年3月將原自治區(qū)農(nóng)業(yè)技術(shù)推廣所的種子科改建為行政、技術(shù)、經(jīng)營(yíng)三位一體的種子管理處，編制20人。同年8月，農(nóng)業(yè)、糧食兩廳報(bào)經(jīng)自治區(qū)人民委員會(huì)同意，在原有各級(jí)農(nóng)業(yè)種子站內(nèi)增設(shè)良種經(jīng)營(yíng)機(jī)構(gòu)，并在各盟市、增建種子站17處（牧區(qū)不建），增編248人，連同原有種子站全區(qū)種子機(jī)構(gòu)達(dá)67處，人員編制426人，（內(nèi)有農(nóng)業(yè)技術(shù)人員248人、經(jīng)營(yíng)人員178人），其中盟級(jí)站8處，每站編制6人～8人，旗縣級(jí)站59處，每站編制5人～7人。自治區(qū)農(nóng)業(yè)廳為了進(jìn)一步加強(qiáng)對(duì)全區(qū)種子工作的管理，于1959年冬，將原種子處擴(kuò)建為種子管理局，編制25人；并要求人民公社建立種子工作委員會(huì)，領(lǐng)導(dǎo)全社精選良種和良種的繁殖推廣工作。到1960年全區(qū)已建立自治區(qū)、盟、旗（縣）三級(jí)行政、技術(shù)、良種經(jīng)營(yíng)三位一體的種子管理機(jī)構(gòu)67處，編制達(dá)393人，其中自治區(qū)級(jí)1處，編制25人，盟級(jí)8處，編制64人；旗縣級(jí)58處，編制204人。1961年，由于緊縮機(jī)構(gòu)，精簡(jiǎn)人員，全區(qū)約有半數(shù)的種子機(jī)構(gòu)被撤消，人員精減近1/2，部分倉(cāng)庫(kù)、器材、資金被占用，使全區(qū)種子系統(tǒng)當(dāng)年糧、油良種購(gòu)銷僅完成計(jì)劃任務(wù)的41%。1962年7月，自治區(qū)人民委員會(huì)在轉(zhuǎn)發(fā)國(guó)務(wù)院“關(guān)于做好選種留種工作指示”時(shí)，通知各地要迅速恢復(fù)和健全盟（市）、旗（縣）種子機(jī)構(gòu)，原屬種子站的工作人員應(yīng)歸隊(duì)，原屬種子站的財(cái)產(chǎn)應(yīng)收回，并重申種子站是行政、技術(shù)、經(jīng)營(yíng)三者統(tǒng)一管理種子工作的單位，對(duì)外掛良種公司牌子。1963年9月，自治區(qū)黨委、人委在貫徹中共中央、國(guó)務(wù)院1962年發(fā)出的“關(guān)于加強(qiáng)種子工作的決定”時(shí)，再次要求各地迅速健全種子管理機(jī)構(gòu)，加強(qiáng)對(duì)種子工作的領(lǐng)導(dǎo)，強(qiáng)調(diào)“對(duì)種子站的工作只許加強(qiáng)，不能削弱”。

1968年9月，內(nèi)蒙古自治區(qū)革命委員會(huì)決定機(jī)構(gòu)改組，原自治區(qū)各部、委、廳、局一律停止行使職權(quán)，其下屬單位由革委會(huì)各部、室直接領(lǐng)導(dǎo)。當(dāng)年10月成立自治區(qū)農(nóng)林種子站，取代了原來(lái)的農(nóng)業(yè)廳種子管理局。1970年2月，自治區(qū)革委會(huì)生建部發(fā)出通知，要求各地健全種子管理機(jī)構(gòu)，加強(qiáng)對(duì)種子工作的領(lǐng)導(dǎo)。1971年6月，自治區(qū)農(nóng)林種子站又改建為自治區(qū)農(nóng)林技術(shù)種子推廣站。1973年，農(nóng)林局機(jī)構(gòu)調(diào)整。當(dāng)年11月，自治區(qū)農(nóng)林技術(shù)種子站改為自治區(qū)農(nóng)業(yè)種子推廣站。隨著良種繁育體系的發(fā)展，1976年6月，自治區(qū)革委會(huì)農(nóng)林局向各盟、市、旗縣農(nóng)林局發(fā)出“建立健全六級(jí)三有良種繁育推廣體系的意見”，提出必須建立、充實(shí)、加強(qiáng)自治區(qū)、盟市、旗縣三級(jí)種子管理站（庫(kù)）外，同時(shí)要求人民公社也要建立良種繁殖場(chǎng)、種子站、種子庫(kù)三合一的種子管理機(jī)構(gòu)，從而把種子管理機(jī)構(gòu)延伸到人民公社。1976年，為了健全全區(qū)農(nóng)作物品種審定工作，報(bào)請(qǐng)自治區(qū)革委會(huì)批準(zhǔn)，于8月1日成立了自治區(qū)農(nóng)作物品種審定委員會(huì)，負(fù)責(zé)對(duì)全區(qū)農(nóng)作物品種的審定工作。委員會(huì)由農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、科研、教學(xué)、種子等單位的有關(guān)人員組成，隸屬自治區(qū)農(nóng)林局，具體事務(wù)由自治區(qū)種子站兼辦。各盟市也相應(yīng)成立了農(nóng)作物品種審定小組。

1977年和1978年，中共中央、國(guó)務(wù)院先后發(fā)出文件，要求各地成立種子公司，盡快實(shí)現(xiàn)種子生產(chǎn)專業(yè)化、加工機(jī)械化、質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)化、品種布局區(qū)域化和以縣為單位組織統(tǒng)一供種。自治區(qū)農(nóng)林局根據(jù)黨中央精神，于1978年報(bào)經(jīng)自治區(qū)黨委批準(zhǔn)，把自治區(qū)種子站改為行政、技術(shù)、經(jīng)營(yíng)三位一體的事業(yè)性質(zhì)的種子公司，編制40人。各盟、市、旗、縣根據(jù)當(dāng)?shù)厍闆r，也先后成立了種子公司。各級(jí)公司都是行政、技術(shù)、經(jīng)營(yíng)三位一體的事業(yè)單位，隸屬于同級(jí)農(nóng)業(yè)行政部門。1984年7月，自治區(qū)農(nóng)牧漁業(yè)廳黨組根據(jù)改革精神，決定將自治區(qū)種子公司由事業(yè)單位改為企業(yè)經(jīng)營(yíng)，兼管事業(yè)，實(shí)行承包合同制，逐步把公司辦成企業(yè)性質(zhì)的經(jīng)濟(jì)實(shí)體。據(jù)此，自治區(qū)種子公司對(duì)內(nèi)部職能科室重新作了調(diào)整，把原來(lái)以管理型為主的科室改變?yōu)槠髽I(yè)經(jīng)營(yíng)、生產(chǎn)開發(fā)、管理監(jiān)督型的職能科室。為加強(qiáng)對(duì)全區(qū)種子的管理工作，1987年6月，自治區(qū)農(nóng)業(yè)委員會(huì)報(bào)經(jīng)自治區(qū)編制委員會(huì)批準(zhǔn)，自治區(qū)種子公司增掛“內(nèi)蒙古自治區(qū)種子管理站”的牌子，一套人馬兩塊牌子，原內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)不變，人員暫控為87人，其中專業(yè)技術(shù)人員64人，行政管理人員23人。1990年，全國(guó)清理整頓公司，自治區(qū)種子管理站不再掛“內(nèi)蒙古自治區(qū)種子公司”牌子。原機(jī)構(gòu)職能和內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)不變，核定編制83人，其中專業(yè)技術(shù)人員62人，行政工勤人員21人。到1990年底，全區(qū)種子機(jī)構(gòu)有91個(gè)站（公司），職工2967人，其中自治區(qū)級(jí)站1個(gè)，職工81人；盟市級(jí)站（公司）11個(gè)，職工456人；旗縣級(jí)站（公司）79個(gè)，職工2430人。職工總?cè)藬?shù)中專業(yè)技術(shù)人員1054人，占職工總?cè)藬?shù)的35.9%。