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遠在新石器時代，內(nèi)蒙古地區(qū)已有適宜當?shù)胤N植的黍、稷旱地品種。夏周時期，漢民學會選擇“嘉種”和區(qū)別早、晚熟品種。漢代大規(guī)模移民墾殖，作物品種從中原引入內(nèi)蒙古地區(qū)種植。既有秦漢已在中原廣為種植的黍、稷、粟、麥等，也有公元前從西域引進的豆、蔥等。公元前206年至公元24年，內(nèi)蒙古地區(qū)居延郡（今額濟納旗）、朔方郡（今河套地區(qū)）已種植粟、小麥、大麥、黍、稷、豌豆、油菜、菊芋、長山藥（薯）和高粱。清朝中葉，玉米和馬鈴薯傳入內(nèi)蒙古地區(qū)。

民國時期，開始有計劃地品種引進。1930—1934年，綏遠省建設廳委托華洋義賑會從美國引進蘭麥（硬粒種）、魚麥、甜菜、銀白高粱、大根高粱、大豆、亞麻和棉花等品種。晉唐時期，內(nèi)蒙古河套引渠灌溉種植水稻。1919年，通遼地區(qū)朝鮮族農(nóng)民首先開發(fā)水田種稻。20世紀30年代末，在牙克石、扎蘭屯等地設立35處原種圃。1940年，綏西農(nóng)業(yè)改進所在臨河世成西從四川省引進一批小麥，包括普通小麥、密穗小麥、硬粒小麥、圓錐小麥、波蘭小麥。其中佛手小麥（圓錐）有一定種植面積。1941年，偽滿洲國興農(nóng)部成立農(nóng)作物獎勵品種委員會，并決定在內(nèi)蒙古東部一些地區(qū)推廣優(yōu)良品種。

中華人民共和國成立后，20世紀50年代初至80年代共引進春小麥、莜麥、玉米、水稻、油菜、兩用亞麻、豆類、馬鈴薯、甘薯、甘藍、大白菜、花椰菜、根菜、番茄、茄子、青椒、黃瓜、南瓜、菜豆、洋蔥等290個品種。20世紀80年代，除谷子、糜、黍、食葵和晚熟球莖甘藍等少數(shù)作物外，大面積種植的優(yōu)良品種絕大部分是引進種。1954年引進的抗銹、抗倒伏的水澆地小麥良種甘肅96號，1958年全區(qū)種植面積達240萬畝。20世紀70年代和80年代中期引進的小麥品種歐柔、墨麥和永良4號種植面積超過150萬畝。其中永良4號在巴彥淖爾盟（今巴彥淖爾市）種植3～4年，面積達全部小麥面積的90%以上。1958—1973年，巴彥淖爾盟農(nóng)研所從歐柔小麥中分離出白歐柔（內(nèi)麥4號、河套3號），1974年種植面積曾達40萬畝。巴彥淖爾盟杭錦后旗良種場從歐柔中分離出的杭良一號，推廣面積曾達3萬畝。

1924年，綏遠省農(nóng)事試驗場開始農(nóng)家品種資源研究和利用。當時以綏西農(nóng)家小麥、糜子品種為主。20世紀40年代中、后期，綏遠省立歸綏農(nóng)科職業(yè)學校也曾作了大量搜集研究。1950年，綏遠省立歸綏農(nóng)業(yè)試驗場成立。1954年，內(nèi)蒙古五里營農(nóng)事試驗場開始全面搜集、整理、利用和保存農(nóng)家品種。1956—1957年，內(nèi)蒙古自治區(qū)三次部署全區(qū)農(nóng)家品種資源征集工作。1959年6月，自治區(qū)農(nóng)業(yè)廳編寫《內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)家品種目錄匯編》，編入品種1069個。至1962年，全區(qū)各地共搜集保存糧油和工業(yè)用原料17種作物10194份材料。1961年，內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)研所成立品種資源研究室。1966年，完成區(qū)內(nèi)小麥、莜麥品種資源的觀察和初步合并整理。1967年，完成谷子和食用豆品種資源的初步整理和歸并。20世紀70年代末至80年代初，內(nèi)蒙古自治區(qū)和盟、市農(nóng)研所參加中國谷子、高粱、燕麥、大豆和亞麻品種資源目錄和志的編寫工作。1982年，內(nèi)蒙古自治區(qū)農(nóng)研所調(diào)查區(qū)內(nèi)野生大豆品種資源并提出保護意見。

1947年至20世紀60年代，內(nèi)蒙古自治區(qū)各級農(nóng)業(yè)科研機構(gòu)大規(guī)模開展作物新品種選育，都是以整理、利用、系統(tǒng)選育現(xiàn)有品種和引進品種為主。1956—1958年，內(nèi)蒙古和昭烏達盟（今赤峰市）、烏蘭察布盟（今烏蘭察布市）農(nóng)研所首先分別開始小麥、玉米、谷子和馬鈴薯的品種間雜交育種。20世紀60年代初，巴彥淖爾盟農(nóng)管局西山嘴農(nóng)業(yè)試驗站和巴彥淖爾盟農(nóng)研所開始小麥品種間雜交育種。同期，內(nèi)蒙古農(nóng)研所開始鈷⁶⁰小麥和玉米輻射育種。20世紀60年代中至70年代初，各級農(nóng)業(yè)科研單位和農(nóng)業(yè)院校普遍進入小麥、糜子、馬鈴薯以雜交育種為主；玉米、高粱、向日葵和甜菜以雜交優(yōu)勢利用為主，兼顧引種篩選和系統(tǒng)選育的育種途徑。20世紀80年代，開始莜麥、黍子、胡麻等雜交育種（包括雜交優(yōu)勢利用）。20世紀70年代初，各地結(jié)合育種開始進行作物遺傳及其變異的研究。1976年，伊克昭盟（今鄂爾多斯市）農(nóng)研所首先開展春小麥花藥誘導植株研究。20世紀70年代末，自治區(qū)農(nóng)業(yè)廳組織內(nèi)蒙古種子公司和內(nèi)蒙古農(nóng)研所編制內(nèi)蒙古農(nóng)作物品種區(qū)劃。1988年，內(nèi)蒙古種子管理站完成12個品種分區(qū)的初步區(qū)劃。